No final da década de 80 já a admiração mútua entre os dois companheiros de equipa, passou a uma guerra cheio de ódio, com o Francês a acusar o Brasileiro de uma conduta perigosa na pista, e de que era beneficiado na McLaren em detrimento dele. Prost exemplificou com o facto de que a dada altura tinha um carro com 4 mecânicos enquanto que o seu parceiro tinha dois carros e 20 pessoas ao seu redor.
Apesar de algumas coisas evidentes, Prost beneficiou de Senna ter sido suspenso e conquistou assim o seu campeonato.indo depois para a Ferrari com o seu número 1, encontrando Mansell como seu parceiro, algo que durou apenas uma temporada com o britânico a sair da equipa acusando o francês das mesmas coisas que Prost tinha acusado o Brasileiro noutra temporada.
Com mais um acidente envolvendo Senna e Prost, a vitória final desta feita foi para o Brasileiro, com Prost a terminar sete pontos atrás. Na temporada seguinte, e com Alesi como seu parceiro, Prost viu mais uma vez uma equipa a não conseguir ser tão competitiva como os seus adversários directos, com a Williams e a McLaren a terem muito melhor desempenho nas corridas desse ano.
No começo dos anos 90 assinou pela Williams, mas não ficou por muito tempo, terminando assim uma carreira brilhante, apesar de ter continuado sempre ligado a este mundo, chegando inclusive a voltar como dono de uma equipa.
A rivalidade com Senna já foi aqui abordada, e foi uma das coisas que mais marcou a sua carreira, isso e ter conseguido quase sempre mais pontos que os seus parceiros, muitos deles campeões mundiais.